Inštitut KON-CERT je prvi v slovenski prostor leta 1998 vpeljal ekološko kontrolno dejavnost, še kot Oddelek za kontrolo in certifikacijo pri Kmetijskem zavodu Maribor, in stopil na samostojno pot kot Inštitut za kontrolo in certifikacijo leta 2005. Od prvih začetkov, pa vse do danes, je Inštitut svojim pogodbenim partnerjem podelil preko 80.000 certifikatov, saj je bilo v kontrolo in certificiranje pred leti vključenih več kot 5.300 kmetijskih pridelovalcev širom Slovenije.
Kot vodilni certifikacijski organ v Sloveniji je leta 2007 prejel mednarodno veljavno akreditacijsko listino za certifikacijske organe (listina št./No. CP-007), ki potrjuje njegovo usposobljenost za opravljanje dejavnosti certificiranja po standardu SIST EN 17065.
Ob potrjeni akreditirani dejavnosti za certificiranje ekološke pridelave, ekološke predelave, zaščitenih kmetijskih pridelkov in živil, ima Inštitut s strani MKGP, Uprave RS za varno hrano, veterinarstvo in varstvo rastlin, tudi imenovanje kot certifikacijski organ za certificiranje sheme »izbrana kakovosti«, integrirana pridelava, višja kakovost in prostovoljne označbe. Inštitut pa je širil krog sodelovanja tudi s tujimi certifikacijskimi hišami pri kontroli evropskih zasebnih standardov (DEMETER, brez GSO), kot tudi razvijal lastne privatne standarde; veganski proizvodi, bio kozmetika, bio tekstil, bio čistila in podobno.
